Eine Besonderheit auf der Südbahn stellt die BOB dar. Sie war die erste Privatbahn im bereich der damaligen Deutschen Bundesbahn, die kein eigenes Streckennetz unterhielt, sondern lediglich auf dem Netz der DB zusätzlich Nahverkehr anbot.
Die Initiative zur Gründung ging von den Städten Friedrichshafen und Ravensburg und der Gemeinde Meckenbeuren aus. Hintergrund war, dass die DB zu beginn der 90er Jahre den gesamten Nahverkehr auf der Südbahn eingestellt hatte, auch Meckenbeuren befürchtete als Halt der Züge in Zukunft wegfallen sollte. So entschloss man sich zur Eigeninitiative. Das Ergebnis war folgendes:
Der Start war zum Fahrplanwechsel geplant, da die Bauarbeiten an den Haltepunkten aber noch nicht fertig waren, erfolgte der Start zum 1. Juli 1993.
Zunächst wurden Werkstags 14 Zugpaare gefahren, am Samstagnachmittag und Sonntag herrschte Betriebsruhe. Eingesetzt wurde ein Triebwagen, der zweite wurde nur als Reservefahrzeug beschafft. Doch schon bald war der Fahrgastandrang so groß, dass weitere Fahrten durchgeführt werden mussten bzw. einzelne Züge mit zwei Wagen gefahren werden mussten. Zuerst wurde dazu ein MAN-Schienenbus der HzL gemietet, dann wurde ein weiterer Triebwagen vom Typ NE 81 beschafft.
1997 kam es dann zu einer großen Erweiterung:
Da die Auslieferung der neuen Triebwagen sich noch über ein Jahr verzögerte, wurden zunächst für ein Jahr drei NE 81-Triebwagen von der HzL angemietet um die neuen Aufgaben bewältigen zu können. Nach einem Jahr wurden diese Hzl-Fahrzeuge durch Regiosprinter der Dürener Kreis Bahn (DKB) ersetzt. Diese Wagen waren dann für ca. 4 Monate bei der BOB im Einsatz bis die neu bestellten RS 1 endlich ausgeliefert wurden. Zeitweise war in dieser Zeit auch noch der Prototyp des Regioshuttles bei der BOB im Einsatz.
Inzwischen wurde der komplette Triebfahrzeugbestand auf Regio-Shuttle umgestellt, dazu wurden drei neue RS 1 bei Stadler gekauft, die NE 81-Triebwagen wurden an die HzL verkauft.
Heute hat die BOB sieben Fahrzeuge:
Wenn ein BOB-Triebwagen längere Zeit in der HzL-Werkstatt steht so taucht bei der BOB auch immer wieder mal ein Ersatzfahrzeug der HzL auf.